Πάμε τώρα να δούμε τι σημαίνει αυτό το “δεν έχουμε αντιδραστήρια για να κάνουμε τέστ Κορινοϊου” που ακούμε τις τελευταίες ημέρες.
Υπάρχουν 2-3 ειδών διαγνωστικά τέστ που μπορούν να ανιχνεύσουν την ύπαρξη ενός ιού στο σώμα του θύματος. Επειδή ο Κορινοϊος είναι καινούριος, δεν έχουν ακόμα αναπτυχθεί εξειδικευμένα test γι’αυτόνα σε μαζική εμπορική παραγωγή. Αρκετές ομάδες ανά τον πλανήτη το ψήνουν, οπότε λογικά θα τα έχουν φτιάξει καμμιά βδομάδα αφού θα έχουμε πεθάνει όλοι.
Christos Rikoudis [fb]
Μέχρι τότε, η κύρια μέθοδος που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση του Κορινοϊου είναι μια τεχνική που ονομάζεται PCR. Τι είναι τώρα αυτό. Θυμάστε εκείνο το παλιό ανέκδοτο με τον έλληνα επιστήμονα που ζευγάρωσε μουνόψειρα με πυγολαμπίδα και “όπου φέγγει δε γαμάμε”; Ε, το ανέκδοτο τελικά ήταν πολύ πιο επιστημονικό απ΄οσο νομίζετε – κρατήστε το αυτό γιατί θα το χρειαστούμε.
PCR λοιπόν είναι το επίσημο αρκτικόλεξο της Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης, που επειδή είναι μακρυνάρι να το γράφω κάθε τρείς και λίγο, θα τη λέω με το υποκοριστικό Ρασούλη – απο το Πολυμερασούλη. Η PCR-Ρασούλη επινοήθηκε το 1983 απο τον βιοχημικό Kary Mullis, το όνομα του οποίου ακούγεται επικίνδυνα κοντά σε ινδικό πιάτο, και είναι τόσο σημαντική στον κλάδο της μοριακής βιολογίας που δεν είναι καθόλου υπερβολή να μιλάμε για προ-Ρασούλη και μετα-Ρασούλη εποχή στη βιολογία – όπως και στο τραγούδι δηλαδή.
Για τον Mullis θα σας πούνε οτι πήρε το Νόμπελ Χημείας το 1993 ακριβώς για την εφεύρεση της Ρασούλης, αλλά αυτό που δε σας λένε είναι οτι ο τύπος έπινε τόσο LSD που έβλεπε “τυπικά εξωγήινα ρακούν” – σε αντίθεση προφανώς με τα άτυπα εξωγήινα ρακούν. Ορκίζοταν μάλιστα όσο ζούσε, οτι η χρήση ψυχοτρόπων πολύ τον βοήθησε στην επινόηση της PCR.
Το μόνο πράγμα που θυμάστε απο το μάθημα της Βιολογίας στο λύκειο είναι το DNA. Και ο λόγος που το θυμάστε είναι επειδή νομίζατε οτι DNA ίσον φλόκια – και πιθανότατα ακόμα το νομίζετε. Στην πραγματικότητα το DNA υπάρχει σε κάθε κύτταρο, οχι μόνο εκεί που φαντάζεστε, και είναι ενα μακρομόριο το οποίο πολύ απλοποιημένα αποτελείται απο ακολουθίες τεσσάρων βασικών συστατικών που ονομάζονται νουκλεοτίδια, για τα οποία δε χρειάζεται να ξέρετε πολλά εκτός απο το οτι συμβολίζονται με τα γράμματα A, G, T και C.
Πράγμα εξαιρετικά ατυχές αν σκεφτούμε οτι αν είχε και μερικά ακόμα γραμματάκια όπως π.χ. το F, το U, και το K, τα papers μοριακής βιολογίας θα ήταν εξαιρετικά διασκεδαστικότερα αναγνώσματα απ’ότι είναι τώρα. Τα γραμματάκια αυτά μέσα στην αλυσίδα του DNA σχηματίζουν ακολουθίες, όπως π.χ. εκείνο το “GATTACA” επιστημονικής φαντασίας που είχατε δεί στο σινεμά και θυμάστε μόνο το μισό επειδή χαιδεύατε τα βυζγιά της Ρούλας αντί να προσέχετε την ταινία.
Αυτό που χρειάζεται να ξέρετε είναι οτι υπάρχουν ακολουθίες που είναι χαρακτηριστικές για κάθε οργανισμό, και συναντώνται μόνο στο DNA του οργανισμού αυτού. Ας υποθέσουμε π.χ. οτι η ακολουθία “CAT” εμφανίζεται μόνο στη γάτα. Οπότε εαν σε ενα δείγμα DNA μπορούμε να ανιχνεύσουμε την ακολουθία “CAT”, ξέρουμε οτι το DNA το πήραμε απο γάτα – αυτό μπορεί να ακούγεται πολύ περίπλοκος τρόπος να καταλάβεις οτι κάτι είναι γάτα, αλλά στην περίπτωση των ιών το πράγμα αλλάζει, δεδομένου οτι συνήθως οι ιοί δεν κάνουν νιάου.
Το πρώτο βήμα στην PCR είναι να σας πάρει δείγμα DNA η νοσοκόμα, πράγμα που δε γίνεται με τον τρόπο που φαντάζεστε. Απλά σας χώνει μια μπατονέτα στο ρουθούνι την ώρα που προσπαθείτε να της πείτε κάποιο σχετικό καλαμπούρι, που φυσικά ΔΕΝ το έχει ακούσει απο τους προηγούμενους δέκα χιλιάδες γύπες που εξέτασε την ίδια μέρα, οπότε ΣΙΓΟΥΡΑ θα σας δώσει το Whatsapp της.
Αφού βγεί απο το ρουθούνι σας, η μπατονέτα περιέχει αρκετό DNA απο διάφορα κύτταρα – τα δικά σας, τον Κορινοϊο που κολλήσατε, του κοτόπουλου που φάγατε για μεσημεριανό, του Μήτσου που καλύτερα να μην αναλύσουμε πως βρέθηκε εκει πέρα, κτλ. Στην πραγματικότητα ο Κορινοϊος δεν έχει DNA αλλά RNA, που κάνει τη διαδικασία λίγο πιο περίπλοκη, αλλά αυτό δε μας απασχολεί εδω, απλά το αναφέρω γιατί αν δεν το αναφέρω θα πεταχτούν διάφοροι ξερόλες να μου την πούνε.
Αυτό το δείγμα τώρα που σας πήρανε με τη μπατονέτα, ανακατεύεται με μια σούπα απο αντιδραστήρια: Νουκλεοτίδια (τα γραμματάκια που λέγαμε πρίν), PCR primers, και πολυμεράσες. Τα PCR primers είναι προκατασκευασμένα μόρια που αντιστοιχούν στις ακολουθίες που θέλουμε να ανιχνεύσουμε, και στα οποία έχουμε επίσης προσαρμόσει μια λάμπα. Ενα τμήμα δηλαδή το οποίο έχει την ιδιότητα να φωσφορίζει εαν ακτινοβοληθεί με υπεριώδες φώς – θυμηθείτε το ανέκδοτο με την πυγολαμπίδα.
Η σούπα μετα μπαίνει σε ενα μηχάνημα, το οποίο στην ούσια δεν είναι παρά ενας φούρνος ρυθμιζόμενης θερμοκρασίας που κοστίζει πέντε-δέκα χιλιάδες ευρώ, και αυτό που κάνει είναι να θερμαίνει και να ψύχει την σούπα σε συγκεκριμένες θερμοκρασίες για συγκεκριμένα χρονικά διαστήματα. Κάθε φορά που θερμαίνεται η σούπα, το μόριο του DNA που περιέχει διαχωρίζεται σε δύο συμπληρωματικά τμήματα, και “κολλάνε” πάνω του τα PCR primers και τα ελεύθερα νουκλεοτίδια. Έπειτα η σούπα ψύχεται σε χαμηλότερη θερμοκρασία, πράγμα που κάνει την πολυμεράση να επανασυνθέτει το μακρομόριο.
Σκεφτείτε το σαν ενα φερμουάρ: Η θερμοκρασία κάνει το φερμουάρ να ανοίγει σε δυο τμήματα, και σε κάθε τμήμα προσαρμόζονται μικρά “κομματάκια” απο φερμουάρ τα οποία μετά ξανακολλάνε μεταξύ τους (“κλείνουν” το φερμουάρ), κι έτσι απο ένα αρχικό φερμουάρ καταλήγουμε να έχουμε δυο.
Η διαδικασία επαναλαμβάνεται με αποτέλεσμα τα δύο φερμουάρ να “γεννάνε” τέσσερα, τα τέσσερα οχτώ, τα οχτώ δεκαέξι και πάει λέγοντας. Κάθε κύκλος θέρμανσης – ψύξης διπλασιάζει τα μόρια DNA που υπάρχουν στη σούπα. Μετά απο μερικούς κύκλους, απο ενα αρχικό μόριο DNA που είχαμε στη σούπα, η σούπα καταλήγει να έχει μερικά εκατομμύρια αντίγραφα του αρχικού μορίου DNA. Επειδή βέβαια η σούπα δεν έχει μόνο το DNA του κορινοϊου, αλλά και το δικό σας, του κοτόπουλου, του Μήτσου, κτλ, ολα αυτά τα μόρια DNA αναπαράγονται εξίσου.
Εδω είναι που μπαίνουν στη μέση τα DNA primers: Η δουλειά τους είναι να “κολλάνε” μόνο στα τμήματα DNA (τις ακολουθίες) για τις οποία έχουν σχεδιαστεί, και στις οποία αντιστοιχεί το συγκεκριμένο DNA που θέλουμε να ανιχνεύσουμε ανάμεσα στα υπόλοιπα, δηλαδή της γάτας η του Κορινοϊου. Οπότε τελικά η σούπα θα περιέχει DNA κοτόπουλου χωρίς primers, DNA μήτσου χωρίς primers, κτλ κτλ κτλ, και DNA Κορινοϊου ΜΕ primers.
Το τελικό στάδιο είναι να ανάψουμε τη λάμπα – ξεπλένουμε τη σούπα και την ακτινοβολούμε με υπεριώδες φώς. Εαν ανάμεσα στο DNA του δείγματος σας που έχει αναπαραχθεί υπάρχει DNA Κορινοϊου, οι λάμπες που είναι προσαρμοσμένες στους primers ανάβουν, και η σούπα χρωματίζεται με ένα υπέροχο απαλό πράσινο χρώμα που σημαίνει οτι θα ψοφήσετε. Εαν είστε υγιής και τα primers δεν έχουν κολλήσει πουθενά, η σούπα δε φωσφωρίζει, και το τέστ βγαίνει αρνητικό.
Ολα αυτά μπορεί να σας ακούγονται περίπλοκα, αλλά στην πραγματικότητα η διαδικασία είναι τόσο ψωμοτύρι στη βιολογία, που τώρα πιθανότατα ξέρετε περισσότερα για την PCR απ’οσα ξέρει ο βοηθός τεχνικόυ βιοχημικού εργαστηρίου των ΙΕΚ Ποδονίφτης που θα σας κάνει το τέστ. Ο εξοπλισμός είναι σχετικά φτηνός και πάρα πολυ κοινός. Εχουν όλα τα εργαστήρια, όλα τα πανεπιστήμια, όλα τα νοσοκομεία – μπορείτε μέχρι και να τον αγοράσετε στο Alibaba. Υπήρχε μια εποχή που το facebook μου έβγαζε διαφημίσεις για παπούτσια και PCR kits (ΔΕΝ κανω πλακα). Πολυμεράσες και PCR primers μπορείτε να ψωνίσετε μέχρι και απο το περίπτερο της γειτονιάς – το Internet είναι τίγκα στις εταιρίες που φτιάχνουν, μεταξύ των οποίων φυσικά και DNA Κορινοϊου. Ψάξτε για “nCov PCR primers” και θα καταλάβετε.
Οπότε η δικαιολογία οτι δεν έχουμε αντιδραστήρια, ακούγεται λίγο κάπως. Αμα δεν έχουμε, μπορούμε ν’αγοράσουμε. Ούτε η Κορέα που κάνει μερικές χιλιάδες τέστ τη μέρα τα γέννησε μόνη της – απο κάπου τα ψωνίζουν. Κι όταν στην Ελλάδα ο Αβραμό αγόραζε δεκαπέντε εκατομμύρια δόσεις tamiflu δεν ίδρωσε τ’αυτί του, και ιδρώνει στά PCR primers.
Και στην τελική, εάν παρουσιάζονται ελλείψεις, αυτό εχει να κάνει με τον ελέφαντα στο δωμάτιο που δεν βλέπει κανένας: Οταν ολη η Ασία βαράει οχι καμπανάκια, κουδούνες κινδύνου απο τον Ιανουάριο κι εσυ κάθεσαι και κοιτάς αυτούς τους μαλάκες τους κινέζους που ψοφάνε σαν τις μύγες αντί να *προετοιμάζεις το σύστημα υγείας σου* έστω και την τελευταία στιγμή, δεν μιλάμε για “ολιγωρία”, μιλάμε για εγκληματική απάθεια (κι εκει βάζω μέσα και ενα ζήτημα post-colonial αντίληψης).
Έτσι όμως γίνονται οι Ιταλίες.
Μετά βγαίνεις και λες τις δικαιολογίες που λένε για το ήδη χαμένο παιχνίδι, οτι ξέρετε εμείς δε μπορούμε να κάνουμε ιχνηλάτηση επαφών και να θερμομετράμε τον κόσμο στο δρόμο, γιατί σεβόμαστε τα προσωπικά δεδομένα των ασθενών. Λες και θα τα σεβόντουσαν σε άλλη περίπτωση.
Κι αυτό το λεω για τον εξής απλό λόγο: Μέχρι τώρα δεν έχει βγει ΚΑΝΕΝΑΣ σε ΟΛΗ την Ευρώπη να πεί “ΟΚ παιδιά ξέρετε, να πως προετοιμαστήκαμε εμείς μόλις πήραμε χαμπάρι τι γίνεται στην Κίνα”.
Πάμε πίσω στην PCR.
Η ολη διαδικασία βέβαια, για να έχει την απαραίτητη επιστημονικοφάνεια, πρέπει να περάσει απο μια διαδικασία πιστοποίησης, παρότι τα πρωτόκολλα του WHO που την περιγράφουν για την περίπτωση του Κορινοϊου είναι τόσο συγκεκριμένα που μπορεί να τα ακολουθήσει χαλαρότατα μια μετρίως εκπαιδευμένη μαϊμου. Αυτό γίνεται για δυο λόγους – ο ένας είναι οτι η PCR είναι κάπως ευαίσθητη στις επιμολύνσεις, και πρέπει να ακολουθηθεί μια συγκεκριμένη διαδικασία για να αποφευχθουν λάθη στα τέστ.
Ο άλλος λόγος φυσικά είναι να “κινείται η αγορά” – των πιστοποιητών, των πιστοποιημένων εργαστηρίων, των πιστοποιημένων παρόχων αντιδραστηρίων, κτλ κτλ κτλ. Όπως πάντα, η πραγματικότητα δεν είναι άσπρη η μαύρη, είναι γκρίζα – και οι δυο λόγοι ισχύουν εξίσου.
Πέρα απο τη διάγνωση, υπάρχει και μια ενδιαφέρουσα διαδικασία επαλήθευσης οτι όλα πήγαν καλά: Εκτός απο τα primers με τον Κορινοϊο, ετοιμάζονται και δυο ακόμα σούπες: Μία με primers ανθρώπινων ακολουθιών DNA, η οποία πρέπει να βγεί θετική, και μια με primers τυπικού εξωγήινου ρακούν, η οποία πρέπει να βγεί αρνητική.
Εαν κάτι απο τα δυο δε συμβεί, σημαίνει οτι κάτι πήγε στραβά στο τεστ, και τα αποτελέσματα του δε μπορούν να θεωρηθούν αξιόπιστα. Η άλλη πιθανότητα είναι οτι απλά μας την έχουν πέσει τα τυπικά εξωγήινα ρακούν, πράγμα που στην προκειμένη φάση δε θα μου ακουγόταν καθόλου μα καθόλου παράλογο.
Στην Αμερική λοιπόν έγινε ενα τεράστιο μπουρδούκλωμα με ολη αυτή τη φάση: Μέχρι να αρχίσουν να εμφανίζονται τα πρώτα κρούσματα, η CDC είχε αποστείλει ολα αυτά τα αντιδραστήρια μονο σε συγκεκριμένα πιστοποιημένα εργαστήρια, τα οποία φυσικά πήξανε στο φόρτο εργασίας.
Ενα καλό εργαστήριο μπορεί να βγάλει 200-300 τέστ τη μέρα, αλλά οταν του απαγορεύεις να το κάνει επειδή δεν είναι πιστοποιημένο, εν μέσω επιδημίας, έχεις πρόβλημα. Συν τοις άλλοις, κάποιες παρτίδες απο τέστ που απέστειλε η CDC βγήκαν τζούφια – μάλλον “άναψε” η σούπα με τους primers εξωγήινου ρακούν.
Και μέχρι να βρούν μια λύση σ ‘ολο αυτό το μπουρδέλο, ήταν ήδη πολύ αργά.
